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Resumen Introducción: el Ministerio de Salud Pública de Cuba realiza numerosos esfuerzos por garantizar la informatización de sus procesos, donde la superación profesional representa un eslabón fundamental. La Escuela Nacional de Salud Pública implementa la Maestría en Informática en Salud, dirigida a los directivos del sector que participan en el proceso de informatización. Sin embargo, el programa actual no se enfoca hacia el desarrollo de habilidades técnicas de los especialistas informáticos. Objetivo: diseñar el programa académico de la Maestría en Informática Médica Aplicada y evaluar su impacto en el proceso de informatización de la salud pública cubana. Método: estudio con enfoque mixto, alcance descriptivo, de tipo retrospectivo y diseño no experimental, de corte transversal. Se realizó un análisis documental para fundamentar el diseño del programa académico de la maestría y se aplicó un cuestionario para evaluar su impacto en el proceso de informatización de la salud pública cubana, con una muestra aleatoria (n=63). Resultados: se diseñó el programa académico de la Maestría en Informática Médica Aplicada, con una estructura de 78 créditos. Es coordinado por la Universidad de las Ciencias Informáticas en colaboración con la Escuela Nacional de Salud Pública. Además, se evaluó su impacto en el proceso de informatización de la Salud Pública Cubana a partir de análisis estadísticos con los datos obtenidos.Conclusiones: el programa implementado es pertinente e impacta en el proceso de informatización de la salud pública cubana, muestra de ello lo constituye las estadísticas de la primera edición en curso de la maestría.
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