En 1962 se crea el Consejo General de Educación Médica de Ascofame, concentrando sus primeros esfuerzos en conformar el Comité de acreditación de hospitales y el Consejo de especialidades médicas, para «dictar normas para la organización de los programa medico-quirúrgicos (…) estudiar y aprobar las instituciones nacionales encargadas de desarrollar estos programas y someterlas a la aprobación del Consejo, para los fines pertinentes a la certificación de especialistas (…) estudiar la idoneidad ética y científica de los candidatos a certificación como especialistas y practicar y calificar los exámenes para optar por el título. Posteriormente en 1963, ASCOFAME estuvo facultada por el Decreto 605 de 1963, expedido en desarrollo de la Ley 14 de 1962, para cumplir las responsabilidades que el Estado asignó en dichas disposiciones (estudio y requisitos para certificación como especialistas), hasta la expedición de la Ley 30 del 28 de diciembre de 1992 por la cual se organiza el servicio público de la educación superior..

En 1985 el Consejo encargo a la junta directiva de Ascofame, liderar un proceso sistemático de autoevaluación institucional que agrupó, en ese momento, a 53 Facultades de Medicina, Odontología y Enfermería existentes en ese entonces en el país y que llevó a finales de la década de los ochenta a la creación de la actual División de Evaluación, y como resultado se desarrollo la Guía General para el Desarrollo del Proceso de Autoevaluación y Revisión Curricular en las Facultades de Ciencias de la Salud. Con la promulgación de la Ley 30 de 1992, lo cual dio lugar a que en forma inmediata la Dirección Ejecutiva actuara en dos importantes líneas de trabajo: la formulación de nuevos requisitos mínimos para la creación y funcionamiento de las Facultades de Medicina y la elaboración de una propuesta de Acreditación de las Facultades de Medicina.

Anticipándose a la proliferación de nuevos programas de medicina, el Consejo Directivo analizó las implicaciones de la autonomía universitaria y conformó una comisión de la cual formaron parte el Dr. Miguel Otero Cadena, Presidente de Ascofame, Dr. Héctor Raúl Echavarría Decano de la Universidad del Valle y los Jefes de las Divisiones de Evaluación y Educación para definir los requisitos mínimos de las Facultades de Medicina con el propósito de preservar la calidad científica y afianzar la presencia y confianza de los programas en la comunidad e impedir que el empirismo y la mediocridad científica y académica se conviertan en el denominador común que se le proporciona a la comunidad colombiana.

En 1964 MINSALUD y Ascofame realizan el Convenio de actividades regulares de Educación Continuada, con los primeros requisitos de calidad en educación continuada. En 1988 se instaura el Comité de Extensión Médica Continua (CEMC) de ASCOFAME y al siguiente año (1989) se crea el Sistema de educación continua para el personal de salud en Colombia – ASCOFAME – ISS – ICFES – MINSALUD – ACFO – ACOFAEN.

Constituida por los ministerios de Salud y Protección Social y de Educación Nacional, sesionó entre el 5 de agosto de 2016 y el 24 de febrero de 2017. El proceso tuvo varias fases. En la primera se analizó la situación de la educación médica de pregrado, se presentaron ponencias y recomendaciones que fueron debatidas, y finalmente aprobadas por la comisión en pleno. En la segunda fase se llevó a cabo la misma metodología para el análisis de la situación de posgrados; en la tercera se abordó el tema del hospital universitario y, por último, el del Desarrollo Profesional Permanente (DPP) y la recertificación.

Se analizaron de manera conjunta las 104 recomendaciones hechas por la Comisión para la Transformación de la Educación Médica, y los decanos miembros de Ascofame llegamos a diez acuerdos para comenzar a preparar al médico que le ayude a la sociedad a alcanzar las metas en salud, priorizando la ejecución en en 54 recomendaciones, y se decide reactivar y constituir nuevamente el Consejo General de Educación Médica (CGEM) de Ascofame para desarrollar una hoja de ruta que conduzca a la transformación fundamental de la práctica médica. El Consejo está conformado por los decanos que hacen parte de Ascofame, un representante de la Asociación Colombiana de Universidades (Ascun), uno del MinEducación; otro del MinSalud y Protección Social e invitados permanentes de Sociedades Cientificas y representantes del sector salud.